南京博物院位于中山门内，背倚紫金山，东邻古城墙。原建筑主展馆（俗称“老大殿”）1935年开工，由于抗日战争，直至1952年方建成使用；1999年加建艺术馆；2004年，南京博物院二期改扩建工程启动。
这是一个重要的改扩建项目。梁思成、杨廷宝、刘敦桢及徐敬直等中国老一代建筑大师先后主持或参与过项目的设计建设，建筑可称“经典”。另外它也承载着城市的历史记忆。我们怀着尊重与敬畏之心，将新馆创作视为“南博”历史传统的延续。因此，改扩建方案的设计理念是：补白、整合、新构。
“老大殿”经严密测算后，原地抬升3米，在不影响建筑与紫金山山体轮廓线的同时，改善了原建筑低于城市道路的不利现状，同时减少了地下空间大面积的填挖土方，为地上与地下空间流线的综合组织创造了有利条件。
建筑立面造型经由统一设计，选取灰白基调夹杂暗红色点线的石材挂面，并在石材表面作古典面处理，使建筑整体气质粗犷而内敛，温润又有厚重感。室内外还选用了紫铜板装修，铜板的质朴、庄重与典雅既与整体的设计气质相吻合，也与“老大殿”的琉璃瓦屋顶相得益彰。
新老馆接合处保留了已有80多年历史的原建筑楼梯。
空间大小、功能各异的中庭或庭院打断了冗长疲惫的观览流线，塑造有节奏、可选择的观展体验。
新设计的展馆中庭天窗处理借鉴了传统建筑“藻井”的手法——紫铜板装饰的吊顶梁格，形成了既简约现代又古朴典雅的现代“藻井”，使得恢弘的大厅空间有了自己的个性。
扩建后的南京博物院，地下建筑面积达3万多平方米。
设计利用200米长的地下通廊、4个大小不一的下沉庭院和12个采光中庭，把地下多个展厅联系起来，地下空间显得生动而活跃，同时也解决了地下公共空间的自然采光与通风问题。
